一、对水源和肥料要求高
施肥枪注射施肥虽然对硬件设备要求较低，但是对水源和肥料有较高要求。如果使用的肥料溶解性不好，容易造成枪头喷水孔堵塞。肥料在喷水孔处沉积，会导致枪头处的肥料不均匀。
二、投资成本高
滴灌施肥技术虽然在节约水资源、提高肥料利用率方面具有显著效果，但是对硬件设施有较高要求。其系统运行需要配备水源和电源，建立储肥罐或肥料池，并安装管道、过滤器和压力表等配套设施。如果从零开始建设，投入成本过高。安裝水肥一体化设备虽然具备较高的长远效益，但是对一般农户而言难以接受，不利于水肥一体化技术的大范围推广。
三、滴头堵塞问题
滴灌技术中使用的滴头空隙直径普遍小于1mm，容易被肥料溶液中的悬浮物、不溶盐和其他有机物、氧化物堵塞。一旦发生滴头堵塞，会对灌溉的均匀性产生极大影响，堵塞严重会导致整个滴灌系统无法正常运行。目前滴头过滤技术主要解决了沙、泥等悬浮物的堵塞问题，难以对化学堵塞和生物堵塞进行有效解决。而且这些堵塞物的积累还容易滋生微生物，对灌溉溶液造成污染。
四、盐分累计问题
由于滴灌技术的出水量少，在某些干旱地区，水分蒸发快，一些营养成分无法随着水分渗透到作物根系，会在地表产生盐分积累。经过日积月累，地表盐分浓度大幅度提升，改变了土壤的理化环境，会对作物生长产生直接影响。这是目前采用滴灌水肥一体化技术急需解决的问题。
